С приходом советской власти в город Филатов, как и многие другие ученые, попал под репрессии. В 1930 году его арестовали, и два годы он пробыл в тюремном заключении. И, хотя физических пыток к ученому не применяли, моральное давление было невыносимым. Филатов несколько раз писал заведомо неправдивые разоблачения против себя, чтоб только быстрее завершить мучения, пусть даже это и закончилось бы расстрелом. Но, в конце концов, ученого решили отпустить, запретив выезд из страны и на долгие годы оставив в списке «неблагонадежных». Тем не менее, долгие годы террора не сломали в ученом силы воли и стремления к борьбе. Он по-прежнему любил свою работу, своих пациентов и уже ставший своим город. Так, после уничтожения Спасо-Преображенского собора, когда городские власти решили на месте разрушенного алтаря устроить общественный туалет, Филатов показал своё отношение к Одессе делом. Он за собственные средства заказывает мраморную чашу и каким-то чудом добивается открытия фонтана на месте разрушенного собора. Теперь Соборная площадь – это одно из памятных мест, связанных с «неодесским» офтальмологом.После Второй Мировой войны Филатов продолжил совершенствовать технологию пересадки роговицы. Изобретенная им технология позволяла сохранять донорскую роговицу в течение нескольких часов. Это облегчало процесс операции и превратило экспериментальную методику в действующее лечение для ослепших пациентов. Об успехах ученого стало известно далеко за пределами города, в результате чего старая глазная клиника больше не могла вмещать всех желающих. Тогда Филатов настоял на создании нового учреждения, в котором можно было бы вести дальнейшие разработки и лечить пациентов – так родился институт офтальмологии. 
Владимир Филатов лично контролировал все процессы создания института на Французском бульваре. А после открытия стал его первым руководителем, и продолжил совершенствовать технологии лечения, создавать новый инструмент и обучать новых специалистов.Но Владимир Филатов был известен одесситам не только в качестве врача. Его часто встречали в Аркадии, где он занимался любимым хобби – писал морские пейзажи. Кроме того, он увлекался и поэзией, сборник его стихов был опубликован в Одессе. Для коллег Филатов был любимым наставником и иконой безупречного аристократического стиля. Бессменную ухоженную бородку и шапочку-таблетку тогда копировали многие врачи. Студенты же знали его, как строгого преподавателя – нередко он ловил молодёжь на обходах, показывая реакцию зрачка на свет. И просил каждого студента повторить и подтвердить реакцию. А после постукивал офтальмоскопом по стеклянному протезу. И объяснял, как слепое доверие к авторитету может заставить увидеть то, чего на самом деле нет. А ведь в медицине это может завершиться катастрофой.Вот так, волею судьбы, Владимир Филатов всю свою жизнь посвятил Одессе, оставив нам в подарок институт офтальмологии. И не зря когда-то популярными были строчки из одесской народной песни: «Если вам у драке вырвут глаз, вставят вам его обратно в клинике Филатова». Просто потому, что каждый должен видеть солнце.