Существует версия, что тяжело заболевший Де Рибас умер не своей смертью. По слухам, в 1800 году, он был отравлен участниками дворцового заговора против императора, в котором Де Рибас участвовал на первых порах. Заговорщики не доверяли испанцу, имевшего при дворе репутацию "выскочки". У постели умиравшего дежурил граф Пален, один из организаторов заговора, следя, чтобы их тайна не была раскрыта. Скоро после смерти Дерибаса был убит и Павел I.

Иосиф Дерибас похоронен на Смоленском кладбище Санкт-Петербурга. Его имя в 1811 году получила центральная улица Одессы, обессмертив память этого выдающегося и интереснейшего человека.